서울행정법원

판결

사건 2022구단73331 양도소득세부과처분취소

원고 A

피고 서초세무서장

판결선고 2024. 5. 8.

주문

1. 피고가 2022. 3. 16. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 523,698,890원(가산세 174,329,700원 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

처분의 경위

가. 원고는 2005. 5. 16.「도시 및 주거환경정비법」(이하 ‘도시정비법’이라고 한다)에 따라 주택재건축 사업시행인가를 받은 재건축아파트(서울 K아파트 L호, 이하 ‘종전 아파트’라고 한다)를 2009. 10. 6. 취득하였다. 위 재건축아파트의 주택재건축사업에 관하여는 2010. 8. 24. 관리처분계획인가를 거쳐 2016. 8. 30. 사용승인이 이루어졌고, 원고가 소유하던 종전아파트는 ‘서울 M아파트 N호’(이하 ‘신축아파트’라고 한다)로 전환되었다. 원고는 2017. 12. 29. 신축아파트를 34억 원에 양도하고 1세대 1주택(고가주택)으로서 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 1억 500만 원을 신고하였다.

나. 피고는, 원고가 종전아파트를 취득할 당시 이는 법적으로 ‘부동산’이 아니라 ‘조합원입주권’에 해당하였음을 전제로 양도대상인 신축아파트 자체만 가지고 장기보유특별공제의 적용 여부를 살펴야 한다고 보고, 원고가 신축아파트를 취득한 시기는 사용승인일인 2016. 8. 30.인 반면 신축아파트의 양도시기는 2017. 12. 29.로서 장기보유특별공제가 적용되기 위한 보유기간(3년)을 충족하지 못하였다는 이유로, 2022. 3. 16. 원고에 대하여 장기보유특별공제를 완전히 배제한 가운데 2017년 귀속 양도소득세 523,698,890원(가산세 174,329,700원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

판단

1) 원고가 종전아파트를 취득할 당시 종전아파트의 법적 성격이 ‘부동산’과 ‘조합원 입주권’ 중 어느 것에 속하였는지(피고의 주위적 주장 관련)

도시정비법에 따른 재건축사업의 경우 조합원입주권 취득시기는 도시정비법에 따라 정해진다고 할 것인바, 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법에 의하면, 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가까지 받아야 비로소 ‘입주자로 선정된 지위’ 즉 조합원입주권을 취득하게 된다고 보아야 한다[이 사건 양도 당시 적용된 구 소득세법 제89조 제1항 제4호 역시 조합원입주권의 취득시기가 관리처분계획의 인가일임을 전제로 삼고 있다. 반면 피고가 예비적 주장과 관련하여 언급하는 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항과 개정 전/후 시행령 제155조 제16항 및 부칙<대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.> 제1조, 부칙<대통령령 제18850호, 2005. 5. 31.> 제4항은, 조합원입주권 자체를 양도하였을 경우에나 한정적으로 적용되는 규정으로서, 도시정비법에 따른 재건축사업으로 신축된 주택을 양도한 경우에 대해서까지 기존주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기를 관리처분계획의 인가가 이루어진 날과는 다르게 별도로 정한 규정이라고 볼 수 없다].

따라서 이 사건의 경우, 원고는 도시정비법에 따라 종전아파트가 조합원입주권으로 전환되는 기준일에 해당하는 관리처분계획인가일(2010. 8. 24.) 이전에 이미 종전아파트를 취득한 이상, ‘부동산’으로서의 종전아파트를 취득하였다고 보아야 한다. 

피고가 주장하는 대법원 2005두5369 판결은 도시정비법이 시행되기 전 구 주택건설촉진법에 따른 재건축사업에 관한 것으로서, 당시는 관리처분계획에 관한 규율이 없어 관리처분계획을 거칠지 여부가 재건축조합의 자율에 맡겨졌고(따라서 관리처분계획의 인가 역시 필수적으로 요구되는 것이 아니었다), 도시정비법상 관리처분계획에 포함되는 사항들의 상당부분이 사업계획승인 대상에 포함되는 등의 차이가 있으므로, 도시정비법에 기초한 재건축사업이 문제되는 본건과는 사안을 달리한다고 보아야 한다. 

오히려 구 주택건설촉진법상의 사업계획승인은 재건축조합이 추진하는 주택건설사업에 관한 일체의 사업내용(가령 조합원의 확정, 주택이나 복리시설의 규모·배치와 배분기준, 잉여건물의 처분방법 등)을 최종적으로 확정하고 승인하는 처분으로서, 사업계획승인이 있어야 비로소 구건물의 철거와 신건물의 착공 등 재건축사업에 착수할 수 있었던 점, 사업계획승인 이후에는 재건축대상인 주택이나 그 대지에 설정된 등기는 새로이 건설되는 주택이나 대지에 설정된 것으로 보게 될 뿐만 아니라 조합원의 교체나 신규가입을 할 수 없고 종전의 토지 등을 사용하거나 수익할 수 없었던 점 등에 비추어 보면, 대법원 2005두5369 판결 사안에서의 구 주택건설촉진법상의 사업계획승인은 도시정비법에 따른 재건축사업에 있어서의 관리처분계획의 인가와 유사하다고 볼 수 있다.

그러므로 원고가 ‘조합원입주권’으로서의 종전아파트를 취득하였고 이에 따라 종전아파트의 취득 당시 원조합원으로부터 조합원입주권을 승계취득한 것으로 보아, 구 소득세법 제95조 제2항의 두 번째 괄호 부분에 기대어 일체의 장기보유특별공제가 배제되어야 한다는 취지의 피고 과세논리는 그 자체로 타당하다고 볼 수 없고, 이에 기초한 이 사건 부과처분은 위법을 면할 수 없다고 할 것이다.

2) 신축아파트의 양도와 관련하여, 조합원입주권의 보유기간이 장기보유특별공제가 적용되기 위한 보유기간에 통산되는지 여부(피고의 예비적 주장 관련)

가) 구 소득세법 제94조 제1항 제1호는 과세대상인 양도소득의 하나로서 ‘토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고, 제95조 제2항은 양도소득에서 차감할 장기보유특별공제액을 규정하면서 그 본문에서 ‘소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1(보유기간에 따라 100분의 10부터 100분의 30까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을, 그 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2(보유기간에 따라 100분의 24부터 100분의 80까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 각각 들고 있으며, 제95조 제4항 본문은 “제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.”라고 규정하고 있다.

그리고 구 소득세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28511호로 개정되어 2018. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라고 한다) 제159조의3는 “법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.”라고 규정하고, 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호는 “1세대 1주택의 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 노후 등으로 멸실되어 재건축한 주택의 경우 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다.“라고 규정하고 있다.

위 규정들의 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하고 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 다만 재건축·재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 구 소득세법 시행령 제159조의3에 의한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 구 소득세법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 원고는 2009. 10. 6. 종전아파트의 소유권을 취득한 후 2010. 8. 24. 관리처분계획 인가가 이루어졌고, 그 후 신축아파트의 소유권을 취득하였으며, 2017. 12. 19. 1세대 1주택 요건을 일응 충족한 고가주택인 신축아파트를 타에 양도하였는바, 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면 신축아파트는 1세대 1주택으로서 원고가 종전아파트를 보유한 기간(종전아파트가 ’부동산‘과 ’조합원입주권‘의 성격 중 어느 것을 지니는지에 상관없이)과 신축아파트를 보유한 기간 모두를 통산·반영한 가운데(다만, 구 소득세법 시행령 제166조 제5항에 따라 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분지어 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간이 각기 산정되어야 할 것이다) 구 소득세법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 1세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 산출하였어야 한다.

이 점에 있어서도 신축아파트에 관하여 1세대 1주택의 장기보유특별공제를 완전히 배제한 가운데 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이므로, 취소되어야 한다.

다) 한편, 피고는 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항과 개정 전/후 시행령 제155조 제16항 및 부칙<대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.> 제1조, 부칙<대통령령 제18850호, 2005. 5. 31.> 제4항을 근거로 제시하면서 원고가 조합원입주권을 보유한 기간은 1세대 1주택 보유기간으로 인정되어서는 아니 된다는 등의 주장도 개진하고 있으나(피고의 2023. 7. 17.자 준비서면 3면 이하 참조), 위 규정들은 조합원입주권 자체가 양도될 경우에나 적용 가능한 규정으로서, 본건과 같이 원고가 부동산인 신축아파트 자체를 양도한 사안에 관하여는 위 규정들이 적용된다고 보거나 이를 참조로 삼을 수 없다. 나아가 피고의 이 부분 주장은 앞서 본 대법원 2012두28025 판결의 법리에도 정면으로 반할 뿐 아니라, 본건과 같이 조합원이 주택재건축사업으로 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도한 사안에 있어서 1세대 1주택 특례 및 장기보유특별공제의 적용 여부를 애당초 조합원입주권 자체를 양도하였다고 가정할 경우에 1세대 1주택 특례가 적용될 수 있었는지 여부와 결부시킬 만한 아무런 법적 근거도 존재하지 아니함을 밝힌다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.