서울행정법원
제5부
판결
사건 2022구합78944 종합부동산세등부과처분취소
원고 A 주식회사
소송대리인 법무법인(유한) 현 담당변호사 홍수임
피고 삼성세무서장
소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 손유정, 이창
변론종결 2023. 8. 24.
판결선고 2023. 11. 2.

주문
1. 피고가 2020. 11. 19. 원고에게 부과한 2020년 귀속 종합부동산세 621,640,620원 중 13,105,121원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 124,328,120원 중 2,621,024원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 피고가 부담한다.

<판결문 중>

-- 경과 --

이 사건 조합은 ① 2019. 9.경부터 같은 해 10.경 사이에 조합원분 주택에 관하여 2019. 8. 27.자 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 각 마쳤고, ② 2019. 9.경 내지 2020. 5.경 사이에 현금청산자분 주택에 관하여 협의 또는 수용절차에 따라 보상금을 지급하거나 공탁한 후 공공용지의 협의취득 또는 토지수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 각 마쳤다.

이 사건 조합은 2019. 9.경 내지 2020. 5.경 사이에 원고에게, ① 조합원분 주택에 관해서는 재신탁을 원인으로, ② 현금청산자분 주택에 관해서는 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.
용인시장은 2020. 11. 16. 이 사건 재개발사업과 관련하여 원고를 사업대행자로 지정하고 이를 고시하였다.

피고는 원고가 2020년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2020. 6. 1. 현재 신탁재산인 이 사건 각 주택 등을 보유하고 있다고 보아 위 주택의 공시가격을 모두 합산하여 종합부동산세 과세표준을 산정한 후, 2020. 11. 19. 원고에게 2020년 귀속 종합부동산세 621,640,620원(= 주택 608,535,502원 + 별도합산토지 13,105,121원) 및 농어촌특별세 124,328,120원을 결정ㆍ고지하였다.

-- 판단 --

지방세법 제109조 제3항 제5호는 ‘행정기관으로부터 철거명령을 받은 건축물 등 재산세를 부과하는 것이 적절하지 아니한 건축물 또는 주택(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물 부분으로 한정한다)으로서 대통령령으로 정하는 것’에 대하여는 재산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 지방세법 시행령 제108조 제3항은 “위 법률 조항에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물 부분으로 한정한다)을 말한다.”고 규정하고 있다.

 이 사건 각 주택은 재산세 과세기준일이 속한 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정된 것으로서 철거보상계약이 체결된 주택에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 각 주택에 대해서는 주택분 재산세를 부과할 수 없으므로, 위 각 주택은 종합부동산세법 제7조 제1항에 의한 종합부동산세 과세대상에도 해당하지 않는다고 할 것이다.

그리고 지방세법 시행령 제108조 제3항이나 그 밖의 관계 법령은 ‘철거보상계약’의 구체적인 형식과 내용을 규정하고 있지 않으므로, 분양신청으로부터 관리처분계획의 수립 및 인가라는 일련의 과정에서 토지 등 소유자와 사업시행자 사이에는 철거보상계약과 같은 약정이 체결되었다고 볼 수 있을 것이다.
이에 비추어 보건대, 이 사건 조합원들의 분양신청 및 이 사건 관리처분계획인가는 2020년 귀속 재산세 및 종합부동산세의 과세기준일인 2020. 6. 1. 전에 모두 완료되었으므로, 이 사건 각 주택 중 조합원분 주택은 지방세법 시행령 제108조 제3항에서 정한 ‘재산세 과세기준일 현재 철거보상계약이 체결된 주택’에 해당한다고 봄이 타당하다.

한편, 원고가 이 사건 각 주택에 관하여 부과된 재산세에 관하여 별도로 불복하지 않고 이를 모두 납부한 사실은 인정된다. 그러나 종합부동산세는 재산세의 부가세가 아니라 독립세로서 그 부과주체, 부과요건, 부과절차 등이 다른 별개의 조세이다. 따라서 원고가 이 사건 각 주택에 대한 재산세 부과처분에 대하여 불복을 하지 아니하였고 피고가 이러한 과세자료를 근거로 이 사건 처분을 하였다 하더라도, 이러한 사정만으로 원고가 이 사건 처분의 효력을 더 이상 다툴 수 없다고 보기는 어렵다.

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유사 판결 사례
http://jnkcity.com/jk/index.php?document_srl=30518
http://jnkcity.com/jk/index.php?document_srl=30529
http://jnkcity.com/jk/index.php?document_srl=17560