국세청 질의회신

양도, 서면-2019-부동산-0467 [부동산납세과-1223] , 2019.11.29

※ 관련참고자료

1. 사실관계

- 2002. 08월 A주택 매입

- 2003. 09월 B주택 매입

- 2011. 12월 B주택(57㎡, 공시가격 5억7천) 주택임대사업자등록(시청 및 세무서)

- 2013. 05월 B주택 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축으로 멸실로 임대사업 폐지

- 2018. 12월 재건축으로 신축주택(99㎡, 공시가격 6억이상, B’주택) 완공되어 주택임대사업자 재등록

2. 질의내용

○ A 주택 거주주택 비과세 가능여부 및 재건축으로 신축된 B’주택의 임대기간 및 임대료 상한 적용 기준

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다

1. 〜 2. 생략

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(이하생략)

○ 소득세법시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

①∼⑲ (생 략)

⑳ 제167조의3제1항제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. <신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3, 2015.12.28, 2017.2.3, 2018.2.13, 2019.2.12>

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다. <개정 2018.2.13>

㉒ 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15, 2017.2.3, 2018.2.9, 2018.2.13>

1. 납부할 양도소득세 계산식

거주주택 양도 당시 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액

2. 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례

가.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대 또는 해당 가정어린이집을 계속 운영하는 것으로 본다.

나. 재건축사업, 재개발사업 또는 소규모재건축사업의 사유가 있는 경우에는 가정어린이집을 운영하지 아니한 기간 또는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획(소규모재건축사업의 경우에는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획을 말한다. 이하 "관리처분계획등"이라 한다) 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

㉓ 제20항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2015.12.28, 2017.2.3, 2018.2.13>

1.「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「영유아보육법」 제13조에 따른 어린이집 인가증

2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본

4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류

㉔ 제23항에 따라 신고서를 제출받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 제1호의 서류 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 제출하도록 하여야 한다. <신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2017.2.3, 2018.2.13>

1. 주민등록표 등ㆍ초본

2. 거주주택의 토지ㆍ건축물대장 및 토지ㆍ건물 등기사항증명서

3. 장기임대주택 또는 장기가정어린이집의 등기사항증명서 또는 토지ㆍ건축물대장 등본

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-1029, 2011.12.13.

[ 요 지 ]

소득세법시행령제167조의3의 규정에 의한 임대사업자 등록 후 임대개시당시 임대주택 요건을 충족한 임대주택이 재개발로 주택이 신축되어 주택면적이나 기준시가가 임대주택 요건을 초과하여도 소득세법시행령제154조제10항 및 동법시행령155조제19항을 적용하는 것이며 재건축공사기간은 임대기간에 포함되지 아니하며 재개발 후 신축된 주택의 임대기간을 합산하여 임대기간을 계산하는 것임

[ 답 변 ]

소득세법시행령제167조의3의 규정에 의한 임대주택이 재개발로철거된 경우에는 철거된 재건축공사기간은 임대기간에 포함되지 아니하며 재개발 후 신축된 주택의 임대기간을 합산하여 임대기간을 계산하는 것이며 (같은 뜻, 서면인터넷방문상담4팀-2225, 2006.07.12)

소득세법시행령제167조의3의 규정에 의한 임대사업자 등록 후 임대개시당시 임대주택 요건을 충족한 임대주택이 재개발로 주택이 신축되어 주택면적이나 기준시가가 임대주택 요건을 초과하여도 소득세법시행령제154조제10항 및 동법시행령155조제19항을 적용하는 것입니다.

○ 서면-2017-법령해석재산-0082, 2017.11.24.

[ 답 변 ]

1. 거주자가「조세특례제한법」제97조의5에 따른 준공공임대주택을 임대하던 중「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업으로 신축된 주택을 취득하고 준공공임대주택으로 등록하여 임대를 개시하는 경우 신축주택의 임차인과의 계약을 최초의 임대차계약으로 보아 임대보증금 및 임대료를 산정하는 것입니다.

2. (생략)