국세청 질의회신 (2022.4.22)

1. 사실관계

-국민주택규모 이하 아파트 취득 후 장기일반민간임대주택 등록

-임대기간 중 ｢주택법｣에 따른 리모델링으로 아파트 전용면적이 국민주택규모를 초과함

*2020.7.10. 이전 장기일반민간임대주택으로 등록하여 임대한 것으로 전제함

2. 질의내용

-장기장기일반민간임대주택으로 등록하여 임대개시 당시에는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제97조의3제3항제2호 국민주택규모 이하 요건을 충족하였으나 이후 ｢주택법｣에 따른 리모델링사업으로 국민주택규모를 초과한 경우에도 특례적용이 가능한지

3. 관련법령

○조세특례제한법 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

⑤ 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다.

4. 유사사례

○ 서면-2021-법규재산-6935(2022.04.21)

[답변내용]

귀 서면질의의 사실관계와 같이, 장기일반민간임대주택의 보유기간 중 재건축사업으로 장기일반민간임대주택이 ｢주택법｣ 제2조제6호에 따른 국민주택규모를 초과하게 되는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3에 따른 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 않는 것입니다.

○ 서면-2020-법령해석재산-2164(2020.09.22)

[답변내용]

귀 서면질의의 경우와 같이, 조세특례제한법 제97조의5에 따른 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어서 장기일반민간임대주택의 보유기간 중 리모델링사업으로 장기일반민간임대주택이 「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모를 초과하게 되는 경우에는 「조세특례제한법」제97조의5에 따른 감면대상에 해당하지 않는 것입니다.

○ 서면-2017-법령해석재산-0082(2017.11.24)

[답변내용]

「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업으로 국민주택규모를 초과하는 1개의 신축주택을 취득하고 양도하는 경우에는「조세특례제한법」제97조의5에 따른 감면대상에 해당하지 않는 것이며∼(이하 생략)